Die katholische Jugendagentur Köln ist seit vielen Jahren ein wichtiger und starker Partner des BDKJ Köln.
Der BDKJ Stadtverband Köln ist einer von vielen Mitgliedverbänden im Kölner Jugendring. Der Kölner Jugendring setzt sich als starker Partner für die Interessen der Jugendverbände gegenüber Verwaltung und Politik in der Stadt Köln ein.
Der KAtholikenausschuss in der Stadt Köln ist die Vertretung katholischer Laien. Als katholischer Verband ist der BDKJ Mitglied des Katholikenausschusses. Besonders das gemeinsame Angebot des Drei-Königs-Stipendiums verbinden BDKJ und Katholikenausschuss.
Der BDKJ Diözesanverband ist der Dachverband aller BDKJ Stadt- und Regionalverbände. Durch die Mitarbeit in mehreren Gremeien, wie dem Diözesanausschuss und der Konferenz der Regionen, stehen sich Stadt- und Diözesanverband in Köln sehr nahe.
Die Stadt Köln unterstützt die Jugendverbandarbeit besonders finanziell mit den Mitteln des Stadtjugendplans. Politisch ist der BDKJ Köln allerdings auch in verschiedenen Arbeitsgemeinschaften und besonders dem Jugendhilfeausschuss der Stadt Köln vertreten und aktiv.